振興醫院自創院以來即成立本科，醫療專業涵蓋範圍十分廣泛，包括：消化道外科、肝膽胰脾外科、乳房外科、內分泌外科、小兒外科、腫瘤外科、內視鏡外科、營養治療科等。
本科共有八位主治醫師、二位顧問醫師，整體專業醫療技術已達醫學中心的水準，在充足的人力及先進的儀器設備下，以團隊的精神提供精緻化、人性化的專業醫療服務。
首 任主任 劉玉錫主任醫師 ( 1990年7月～2013年3月 )
第二任主任 劉孟綸主任醫師 ( 2013年4月～迄今 )
1990年起，本院轉型為綜合醫院，當時稱為「外科」，以術前良好的檢查評估及溝通，配合精密的手術，加上術後細心照顧，為外科病人提供完善的治療 及開始全靜脈營養治療。
1992年本院推薦劉玉錫主任至陽明醫學院接受台灣第一次腹腔鏡膽囊切除手術訓練，通過外科專科醫師訓練醫院，同年由劉玉錫主任執行本院第一例腹腔 膽囊切除手術。
1993年醫院通過第一屆的醫院評鑑之「區域醫院」及「二級教學醫院」評鑑，臨床醫療服務已近醫學中心標準，可執行食道手術、根除性胃全切除手術、肝、膽道 手術、胰臟手術等大型手術。
1996年7月醫療部主任劉啟明醫師主刀，為一名罹患亞急性膽囊炎病患施行內視鏡手術，取出970粒結石。
1996年8月在振興醫院客座教授會館之外科系五代同堂聚會中，座上有九十高齡的外科祖師爺文忠傑教授。
1998年在心臟血管外科的協助下，魏崢教授與常傳訓主任針對大腸癌合併肝臟轉移，佔據70%肝臟之病例，完成肝臟自體移植手術，目前肝臟手術已成為本科常規手術之一。
1999年為病態肥胖病人進行胃間隔手術，成功達成控制體重的目標。
2008年劉孟綸醫師執行首例腹腔鏡肝腫瘤切除術。此後同仁陸續發展腹腔鏡手術，包括腹膜透析管植入、疝修補術、闌尾切除術、胃穿孔手術、及單孔腹腔鏡手術等。
本科以高效能與精緻的醫療技術、提供最優質完善的健康服務，提供完整的諮詢與照護，體貼病患及家屬，備受社會大眾肯定。
一、 消化道外科：胃腸出血及腫瘤癌症、腸阻塞、盲腸炎、闌尾炎、腹膜炎、腹壁疝氣、腹部外傷及內出血、 腹腔內腫瘤癌症。
二、 肝膽胰脾外科：肝、膽、膽道結石、肝膽腫瘤、胰臟腫瘤與疾病、脾臟腫瘤與疾病。
三、 乳房外科：乳房腫瘤及各種疾病、乳房重建。 本科除對乳癌患者的檢查、診斷及手術採積極治療的態度，也配合化學藥物治療、放射線治療、荷爾蒙治療、 及標靶治療。因應個人需求，與整形外科合作進行乳房重建手術，以達到病患的心理及生理（存活率）需求。
四、 內分泌外科：甲狀腺全葉或部分切除手術已為一般常規手術，更有甲狀腺上皮肉癌的罕見疾病案例發表，以及副甲狀腺的手術。
五、 其他如外傷傷口處置與縫合，皮膚及皮下腫瘤等處理，腹膜透析管植入及人工血管(Port-A catheter)植入。
本院環境優美、明亮寬敞，設備精良、儀器先進，醫護人員與醫療技術水準極高，尤其心臟移植及心臟疾病方面有其成就與基礎。對於腹腔鏡手術之精進， 發展單孔腹腔鏡手術或自然孔洞手術(NOTES)亦是實施重點。